首先，根据《劳动民法典》的规定，用人单位应当支付劳动者经济补偿金的情况包括但不限于。1）用人单位未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；2）因用人单位的原因导致解除或终止劳动合同的；3）用人单位违反本法规定解除或终止劳动合同的；4）用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的等。 在您的案例中，如果员工是因为公司原因提出离职，且符合上述情况之一，则可以要求公司支付相应的经济补偿金。至于是否需要扣除两个月的工资，这取决于双方的具体约定和法律规定。通常情况下，如果员工在离开前已经与公司协商并同意了相关事宜，那么公司有权从员工的工资中扣除相应金额作为补偿。 然而，需要注意的是，这种扣除必须符合法律法规的要求，并且不得损害员工的基本权利。因此，在处理类似问题时，建议您与公司进行沟通，了解具体的条款和标准，以确保自己的权益得到维护。同时，也可以考虑寻求法律帮助，以便更好地维护自己的合法权益。