首先，根据《中华人民共和国劳动法》和《工伤保险条例》，员工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，应当享受停工留薪待遇。停工留薪期一般不超过12个月。 其次，如果医院出具了没有大碍的诊断书，并且单位也同意休假，那么单位应该按照法律规定支付相应的工资，包括基本工资、奖金等，而不仅仅是扣除一定的费用。如果单位以此为由拒绝支付工资，员工可以向当地劳动行政部门投诉，要求单位履行劳动合同规定的义务。 最后，建议员工与单位协商解决这个问题，争取得到合理的赔偿。同时，也可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。