根据《劳动民法典》的规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。如果公司在未提供上述证明的情况下，擅自扣除员工的工资或福利，可能侵犯到员工的合法权益。因此，建议您与公司进行沟通，协商解决办法，以避免纠纷的发生。