根据您提供的信息，您的公司可能面临一系列的法律问题。首先，关于工厂搬迁赔偿的问题，建议您与您的法律顾问协商，并确保您的权益得到充分保护。其次，关于是否需要跟随工厂搬家的问题，您可以考虑是否愿意承担风险或寻求补偿。此外，关于特殊技能岗位员工的安置，您可以考虑提供额外的培训和支持，以帮助他们找到新的工作机会。最后，关于证书问题，建议您尽快联系相关机构，了解是否有补救措施或解决方案。希望这些建议能帮助您解决问题。