工伤职工在治疗期间如果被诊断为非工伤疾病，则需要向用人单位提出申请，并按照劳动法相关规定进行处理。首先，需要确认是否符合工伤认定条件，如事故伤害发生时的劳动关系状态等。其次，根据医疗费用和停工留薪期等情况，用人单位应支付相应的待遇。 此外，若工伤职工因伤情严重导致生活无法自理的情况，可以申请工伤康复服务。康复过程中，应当确保其得到必要的医疗服务和支持，以最大程度地恢复健康。 最后，对于工伤赔偿的问题，需遵循相关法律法规的规定，包括但不限于工资福利损失、医疗费、护理费、交通费、残疾辅助器具费等，以及因工致残的，还可能获得一次性伤残补助金、伤残津贴等补偿。 总之，在处理此类事件时，应当全面考虑各项法律规定及实际情况，合理合法地维护自身的权益。