根据《劳动民法典》第三十九条的规定，劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同。 （一）在试用期间被证明不符合录用条件的； （二）严重违反用人单位的规章制度的； （三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的； （四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的； （五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的； （六）被依法追究刑事责任的。 您提到的情况中，您的妻子在怀孕期间，由于妊娠反应严重请假未能及时返回工作岗位，导致公司认为她自动离职。但是，在这种情况下，公司必须提供充分的理由和证据来支持其决定，否则可能面临法律风险。 此外，根据《女职工劳动保护特别规定》第八条规定，孕期、产期、哺乳期内的女职工，不得安排延长工作时间和夜班劳动。因此，如果公司确实存在违法行为，例如未提供合理的休息时间或福利措施等，可能会受到相应的处罚。 建议您与公司沟通并收集相关证据，以维护自己的合法权益。如果您需要进一步的帮助或咨询，请联系专业的法律顾问进行详细分析和解答。