首先，您作为董事长助理，在试用期内被罚款5000元是不合理的，因为这是违反劳动法的行为。 其次，您的工作职责和权限已经超出董事长助理的范围，被调离项目也是正常的调动。因此，您的申请转正不符合公司的规定。 再次，公司在三个月试用期满后要求您离职，并且将您列为“不合格”员工，并降低工资，这明显侵犯了您的合法权益。 最后，您在项目扫尾中发现了少料的问题，需要调查核实后再决定是否赔偿5000元。如果确实存在质量问题，应当根据实际情况进行处理，而不是随意扣罚员工。同时，公司也应该采取措施防止类似事件的发生。 综上所述，您有权向公司提出申诉或寻求法律援助，以维护自己的权益。