根据《中华人民共和国劳动法》规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家有关规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果公司调整底薪降低了职能工资，那么这种行为是不合法的。首先，员工有权要求获得与其工作相匹配的薪资待遇；其次，公司的行为违反了劳动法的规定，可能导致劳动者的权益受到侵害。建议您与公司协商解决，如无法达成一致，可以考虑通过法律途径维护自身合法权益。