在工厂中，员工的工资通常根据其工作时间和表现来确定。如果您的雇主扣除了您所有的底薪，并且这些扣款数额达到两千元，这可能违反了劳动法中的最低工资规定。 您可以向当地的人力资源和社会保障局（简称“人力资源社会保障部门”）投诉，以确保您的权益得到保护。此外，您还可以考虑与雇主进行协商，要求他们退还所扣款项并支付相应的赔偿金。 请注意，在处理此类纠纷时，应保持冷静和客观，尽量收集证据支持自己的主张。如果您需要进一步的帮助或建议，请寻求专业的法律顾问的帮助。