首先，关于“员工入股”与“企业亏损”的关系，是否签订书面协议并不直接影响股权的归属以及分红方式。 企业在亏损状态下扣减员工股份或工资的行为可能涉及不当得利和合同违约的风险。如果该行为导致了企业的财产损失或者损害了其他股东的利益，可能会被认定为无效。 如果企业确实存在亏损，那么根据法律规定，股东应该按照出资比例进行利润分配。因此，即使员工的股份没有完全实现价值，也应按照其持股比例分享企业的盈利。 员工可以通过以下途径来追回入股款和工资。 -要求企业出具相应的财务报表，证明亏损的真实性。 -尽量收集相关证据，如转账记录、银行流水等，以支持自己的主张。 -寻求第三方机构的帮助，比如会计师事务所或律师事务所，对案件进行评估和调解。 -在必要时，向法院提起诉讼，通过法律手段维护自己的权益。 请注意，以上建议仅适用于一般情况下的解决思路，并且具体情况需要根据具体情况进行分析和判断。如果您面临的具体问题比较复杂，请及时寻求专业的法律意见。