您与饭店的兼职协议中应包含关于提前离职的规定。根据您的描述，如果店长不同意您的提前离开，并且以此为由要求您每天扣除3天工资以表示惩罚，这可能违反了双方的约定。如果您已经按照协议中的规定完成了工作并支付了相应的报酬，那么饭店应当尊重您的权利和合同义务，而不是以此作为处罚的理由。建议您与店长进行沟通，说明您的情况，并尝试达成一致解决办法。在任何情况下，维护自己的权益是非常重要的。如果您遇到困难或不确定如何处理，请寻求专业的法律帮助。