《中华人民共和国个人所得税法》规定，工资薪金所得适用的税率有3个档次，分别是3%、10%和20%，且按照累计预扣法计算。即如果每月工资为1万元，则每月应纳个人所得税额=（月工资-起征点）×适用税率-速算扣除数；如果每月工资为4万元，则每月应纳个人所得税额=（4万元-1万元）×适用税率-速算扣除数。如果企业将五险一金直接从员工的工资中扣除，而没有在发放时代扣代缴个人所得税，则可能违反了相关法律法规的规定。建议您与当地社保局或税务机关沟通，了解具体的法律规定，并根据实际情况合理安排五险一金的扣缴方式。