在处理涉及劳动争议的案件时，员工通常有权要求用人单位支付其因工作而产生的合理报酬。如果公司未按期支付工资，员工可以向当地人力资源和社会保障局投诉或者直接提起劳动仲裁。然而，在这种情况下，如果公司拒绝办理离职手续，是否会影响您提起的劳动仲裁申请，这取决于具体的情况。 首先，根据《中华人民共和国劳动民法典》第38条的规定，劳动者有权利要求单位提供一份解除或终止劳动合同证明书。如果公司未能按照法律规定提供这一文件，可能会被视为违法解除合同。在这种情况下，您可以提出申诉并请求法院判决该公司的行为无效，并要求公司恢复您的原工作岗位和待遇等。 其次，即使公司在劳动关系中存在违法行为，但若双方已经依法履行了必要的程序（如签订书面协议），并且没有发生实质性的冲突或纠纷，则可能不会直接影响到您的劳动仲裁申请。但是，如果公司的行为导致了劳动关系的终止，那么您可能需要重新计算工龄，以确定您是否有权获得相应的经济补偿金或其他相关权益。 因此，建议您先与公司进行协商，了解是否存在可以解决的问题。如果无法达成一致，可以选择通过法律途径解决问题。同时，确保保留所有相关的证据，以便在仲裁过程中使用。最终，希望您能够顺利地维护自己的合法权益。