根据我国《劳动法》和相关法律法规的规定，员工未经公司同意擅自处理公司财物并从中获利的行为属于违法行为。因此，公司有权依据合同或规章制度对员工进行处罚，并可以从员工的工资中扣除相应的费用。 然而，在实际操作中，扣除金额应基于合法合规的原则，并且应当考虑员工的经济状况。如果扣除金额过大，可能会导致员工的生活质量下降，甚至引发纠纷。因此，公司应在依法合规的前提下，与员工进行沟通协商，制定合理的解决方案。