在劳动合同中通常会规定员工因病请假的情况。如果员工因为病假而被扣发工资，那么根据《劳动法》和相关法规的规定，公司应当按照国家规定的标准支付给员工相应的医疗费用，并且不得以任何理由或方式扣减其工资。 如果公司在处理这类情况时违反了上述规定，导致员工的工资损失，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求公司按实际损失进行赔偿。同时，也可以通过协商解决或者申请仲裁来维护自己的合法权益。 请注意，具体处理方法需要根据实际情况和个人经验来决定。如果您有更详细的问题，请随时与我联系。