首先，关于请假的问题，员工应当按照公司的规定进行请假，并且提前向主管或人力资源部门提交申请。如果公司没有批准请假，员工应该及时与公司沟通，了解原因并寻求解决方案。 其次，对于不批准请假的情况，员工有权要求公司提供合理的解释和相应的补偿措施。通常情况下，公司应提供请假单的副本或者相关证明材料作为证据。 再次，如果公司在发现员工不正当理由的情况下，擅自离开工作岗位，而这种行为对公司的正常运营造成了影响，那么公司可以采取必要的惩罚措施。但是，这些措施必须符合法律规定，并且应当给予员工公平的机会来说明情况和辩解。 最后，如果公司以“扣双倍工资”和“额外附加惩罚”为由要求员工支付更多的费用，这可能违反了劳动法的规定。在这种情况下，员工有权拒绝接受这样的处罚，并且可以寻求法律帮助来维护自己的合法权益。 总之，处理这类问题时，员工应当积极主动地与公司沟通，确保自己的权益得到保护。同时，也要注意遵守相关的法律法规，避免不必要的纠纷。