根据中国劳动法的规定，劳动者有权享有合法的休息休假权利和获得经济补偿的权利。如果您认为您的权益受到了侵犯，可以向当地劳动监察部门进行投诉或者申请劳动仲裁。 在您提到的情况中，如果您的劳动合同中有明确规定关于离职时是否扣除培训费用的条款，并且该条款已经明确告知您可以选择是否支付，则应当按照约定执行。但如果合同中没有明确的扣款条款，那么您的权益可能会受到侵害。 此外，由于您已经在公司工作了三年多，可能涉及到一定的经济赔偿责任。建议您与公司管理层协商解决，或者寻求专业的法律帮助来维护自己的合法权益。