一、关于住房公积金的问题。 根据《中华人民共和国社会保险法》第二条的规定。“国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险和生育保险等社会保险制度。”其中，“基本养老保险”包括“企业职工基本养老保险”，因此，农业户口员工在工厂工作，并缴纳了养老保险金，这是符合法律规定和政策要求的。 二、关于加班费计算的问题。 按照《劳动法》第四十四条规定。“有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬。（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。” 所以，如果加班费按照市区的基本工资来计算，这可能不符合上述规定。建议您与公司进行沟通，确保加班费的支付符合法律规定。同时，也可以考虑是否需要寻求法律帮助以维护自己的合法权益。