根据我国劳动法的相关规定，学校组织的学生勤工俭学活动应当视为非全日制用工关系。在这种情况下，学生是劳动者，而学校作为用人单位负责管理和监督学生的活动，并支付相应的报酬。因此，在学生离职的情况下，其工资应当由学校直接向员工支付，而无需通过其他途径来获取或扣除。如果学校试图从学生工资中扣取已经完成的工作时间的工资，这可能违反了相关法律规定和职业道德准则，建议学校及时与学生沟通并解释相关政策，避免产生不必要的争议和纠纷。