《中华人民共和国企业破产法》规定。“人民法院受理破产申请后，有关债务人的民事诉讼，只能向受理破产申请的人民法院提起。” 根据上述法律规定，如果员工因工资未发放而起诉工厂，应当首先向受理破产案件的人民法院提起。因为只有在法院受理破产申请的情况下，才能适用《中华人民共和国企业破产法》中的相关规定。 因此，在这种情况下，法院拍卖工厂的行为是不合理的，因为它违反了法律程序和规定。建议您及时寻求专业的法律意见，以确保您的权益得到保护。