您好！首先，请您详细了解您父亲购买商店的手续是否齐全，是否有合法的产权证明。如果确实存在使用问题，您可以向当地政府相关部门反映情况，例如自然资源局、城乡规划局等，要求进行实地调查和核实，并争取得到合理的补偿。 其次，建议您与当地政府沟通，了解相关政策和规定，看能否通过协商解决这一问题。如果您认为补偿金额过低或不符合实际情况，可以考虑提起行政诉讼，维护自己的合法权益。 最后，为了避免类似纠纷的发生，建议您在购房时仔细审查相关合同条款，确保所有权利义务都得到了明确的约定，并且保留好所有的交易凭证，以便在遇到此类问题时能够及时维权。