《中华人民共和国刑法》第二百七十七条规定。“以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。”根据该规定，如果员工的行为确实构成了妨害公务罪，那么公司的调查是合法的。此外，《中华人民共和国民法典》第五百六十二条明确规定，“当事人一方明确表示或者以自己的行为表明不履行合同义务的，对方可以在履行期限届满之前请求其承担违约责任。” 因此，在这种情况下，如果公司认为员工违反了劳动合同中的相关规定，并且已经构成妨害公务罪，公司有权要求解除与员工的劳动合同，并追究员工的法律责任。同时，公司也有权采取其他必要的措施来维护自身的合法权益。 需要注意的是，具体处理时需要结合具体情况和相关法律法规进行分析，建议在专业人士的指导下操作。