首先，根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位应当与劳动者签订书面劳动合同，并在用工之日起一个月内办理社会保险手续。如果公司在您入职后三个月才提供劳动合同，这可能违反了相关法律法规。 其次，关于违约金的问题，根据《中华人民共和国劳动民法典》的规定，只有当双方约定的违约条款明确且合法的情况下，才能要求支付违约金。如果您没有和公司协商一致或事先同意支付违约金，则公司无权单方面收取违约金。 最后，如果您认为公司的行为侵犯了您的合法权益，建议您向当地人力资源和社会保障局投诉或者直接提起劳动仲裁，以维护自己的权益。同时，也可以考虑寻求法律援助，以获得更好的保护。