您的问题涉及劳动关系和离职程序的问题。根据《中华人民共和国劳动民法典》第四十条规定。“劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同。（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；……”因此，在您所描述的情况下，如果员工违反了公司规定的假期管理规定，即未事先获得批准就擅自离开工作岗位，并且未经同意再次返回工作，这可能构成“无故旷工”，从而导致其被认定为自动离职。 在处理此类情况时，关键在于遵循合法的程序和证据收集。首先，应确认员工是否有充分的理由请假并得到班组长和科长的认可。其次，应当保留与请假相关的所有沟通记录，包括但不限于短信、电话录音等，以证明请假的真实性和合法性。此外，还应该保存员工离开和再次回到工作岗位的所有相关文件和记录，如考勤表、签到簿等，以便作为后续申诉或诉讼的依据。 如果您需要更详细的指导，请提供更多的细节信息，例如具体的请假原因、班组长和科长的具体反应、以及最终的结果如何等。这样可以帮助我为您提供更为准确的建议。