根据《中华人民共和国劳动法》（以下简称《劳动法》）第十六条的规定，用人单位与劳动者签订的劳动合同应当全面、明确，并且不得违反国家法律法规和政策规定。如果公司依据一份未被双方同意的薪资协议进行扣款，可能涉嫌侵犯了劳动者的合法权益。 在实际操作中，员工应保留所有相关文件和记录，包括但不限于书面合同、电子文档、电子邮件等，以证明自己的权益受到侵害。此外，员工可以向当地的人力资源和社会保障部门投诉或提起劳动争议仲裁，寻求法律保护。同时，建议及时通知公司变更薪资协议，确保公司的行为符合法律规定。