你好！根据劳动法相关规定，用人单位支付劳动者加班费时应以实际工作时间为基础计算。如果你的公司是以基本工资为基数并加上全勤奖来计算加班费，那么这种算法是合法的。但是，建议你详细检查公司的考勤记录和工资发放记录，确保加班费的计算方式符合法律规定。 关于请假扣款的问题，如果公司的考勤制度明确规定了扣款规则，并且在合同中对此有明确约定，那么这种情况也是合理的。不过，如果扣款金额过高或者违反了相关法律法规的规定，可能需要重新协商或申请仲裁。 总之，在处理这类争议时，建议双方寻求专业的法律意见，以便更好地维护自己的权益。希望我的解答对你有所帮助。