您所描述的情况涉及劳动法中的“加班费”和“迟到罚款”的争议。首先，根据《中华人民共和国劳动民法典》第八十二条的规定，“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”因此，如果您的单位没有在合同中明确说明或协商一致以公司的卡时为准来计算迟到费用，则该费用是不合理的。 其次，关于是否能将扣除的款项要回的问题，这取决于具体的情节。如果您认为自己的工作时间和标准打卡时间存在差异，您可以要求单位提供相关证据证明其计算方法的合理性，并且可能需要与单位进行沟通解决。 最后，如果单位确实违反了法律规定，您可以考虑采取以下措施。 保存所有与加班费和迟到罚款相关的书面记录和口头协议。 联系当地的人力资源和社会保障局，投诉单位违反劳动法律法规的行为。 如果情况严重，可以寻求法律援助，通过法院提起诉讼，维护自身的合法权益。 总之，在处理类似问题时，最重要的是确保有充分的证据支持你的主张，并尽可能地保护自己的权益。希望上述信息能够帮助到您，祝您生活愉快！