《中华人民共和国个人所得税法》规定，企业为员工发放年终奖时，应依法代扣代缴个人所得税。根据相关规定，年终奖的扣除比例不得低于3%，即扣减后的余额不得超过全年一次性奖金收入的3%。 因此，如果公司的年终奖扣除了全部或者大部分金额，可能违反了税法的规定，构成偷税漏税行为。建议公司与税务机关沟通，了解相关政策和法律规定，合法合规地处理年终奖事宜。同时，也提醒员工注意遵守相关法律法规，避免因不当操作而受到不必要的法律制裁。