根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在解除劳动合同时需要有合法的理由和程序。如果员工在工作中连续两次不达标，用人单位需要首先确定是否已经明确告知员工相关的工作标准和考核要求，以及员工不达标的具体情形。 如果用人单位已经履行了告知义务，并且员工确实存在连续两次不达标的情况，用人单位可以依据《劳动合同法》第四十条的规定，以员工不能胜任工作为由解除劳动合同。但在此之前，用人单位应当给予员工一次改正的机会，即进行培训或者调整工作岗位。如果员工经过培训或者岗位调整后仍然不能胜任工作，用人单位可以解除劳动合同，但需要支付经济补偿。 需要注意的是，解除劳动合同的程序必须合法，包括但不限于提前通知员工、支付经济补偿等。如果用人单位未按照法定程序解除劳动合同，可能会面临违法解除的法律责任。