根据《中华人民共和国刑法》第三百五十七条的规定，非法制造、买卖、运输、邮寄、储存鸦片、海洛因、甲基苯丙胺或者其他毒品的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。如果员工在不知情的情况下参与了该公司的违法软件研发活动，则其可能涉嫌构成犯罪。 此外，《中华人民共和国劳动民法典》第八十五条也规定。“用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；……” 因此，即使员工并不知情，但如果他们确实参与了该公司从事的违法行为，那么他们的工资就可能会被视为“违法所得”。在这种情况下，公司需要支付相应的赔偿金，包括但不限于违约金和额外的赔偿金。具体数额应根据相关法律规定及实际情况确定。