您好！根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动合同中的工资标准应当按照用人单位所在地的标准执行。因此，在您的情况下，公司的员工底薪应按照深圳的标准执行。如果您对这一规定有疑问或需要进一步的帮助，请随时联系我。