在您提到的情况中，如果原单位和现在的合并后的公司（即新成立的公司）之间存在劳动关系，那么您应该向新的公司提起诉讼。因为根据《中华人民共和国劳动民法典》的规定，劳动者与用人单位之间的劳动争议应当由其所在的用人单位所在地的人民法院管辖。 然而，在某些情况下，由于两个公司的性质不同，比如一个属于国有企业，另一个属于私人企业或者私营企业，他们可能会有不同的法律地位和权利义务。在这种情况下，您可能需要咨询一位专业的法律顾问来确定最佳的解决方案。例如，如果原单位是国有企业的分支机构，并且现在被并入了一个私营企业，您可能需要考虑是否可以通过行政途径解决这个问题，如通过劳动仲裁委员会进行调解或申诉。但最终的决定应该是以您的实际情况为准，包括您所处的具体情况以及当地的相关法律法规。