根据《中华人民共和国社会保险法》规定，用人单位应当按照国家规定的比例缴纳基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费等社会保险费。如果您在公司请了三个月的病假，并且已经全部休完，那么您应该向公司提出要求，将这段时间的社保和公积金由公司承担的部分自行承担。如果公司不同意您的要求，您可以考虑通过劳动仲裁的方式解决。在此过程中，建议您收集好相关的证据材料，如请假条、工资单、劳动合同等，以便于证明自己的权利主张。同时，也可以与公司的人力资源部门进行沟通，了解他们对于此事的态度和处理方式。