您好！根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位应当为劳动者提供必要的劳动保护和医疗服务。在您所描述的情况下，如果公司的员工因工作原因受伤，并且医药费用由公司支付，则应视为公司的福利待遇之一。因此，在未来可能的赔偿中，医疗费用很可能不会被扣除。 然而，请注意，具体处理时需要结合当地的法律法规以及相关合同条款来确定是否适用该规定。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我提问。