根据《中华人民共和国社会保险法》规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未在规定时间内办理的，视为无雇工的个体工商户或者未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员等其他人员，可以直接向所在地的社会保险经办机构申请办理社会保险登记。 因此，如果您的父亲已经缴纳了两年的社保，且目前有意愿补缴，您可以按照上述程序向当地的社保经办机构提出补缴申请，并按照规定的流程进行补缴手续。如果您对具体操作还有疑问，建议您咨询当地的人力资源和社会保障局或社保中心，以获取更准确的信息和指导。