根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动者在患病或者非因工负伤的情况下，可以享受医疗期。如果用人单位违反法律规定，如未及时支付应得的工资，甚至扣减部分工资的行为，可能构成违法解除劳动合同，侵害员工权益。 对于您的情况，您已经提供了医院开具的证明文件，这表明您确实患有疾病，并且需要休息治疗。然而，由于公司的行为存在争议，建议您保留相关证据和记录，例如工作日志、考勤表等，以备不时之需。同时，您可以考虑与公司进行沟通协商，寻求解决问题的最佳方式。如果协商无效，可以通过合法途径维护自己的合法权益，比如向当地的人力资源和社会保障局投诉，或通过法律诉讼等方式解决纠纷。