《中华人民共和国社会保险法》第三十八条规定，因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付。 （一）治疗工伤的医疗费用和康复费用； （二）住院伙食补助费； （三）到统筹地区以外就医的交通食宿费； （四）安装配置伤残辅助器具所需费用； （五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费； （六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴； （七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金； （八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金； （九）劳动能力鉴定费。 因此，根据上述法律规定，如果员工在工伤休假期间，单位只发放底薪的行为是不合法的。此外，《中华人民共和国劳动民法典》第四十六条规定，有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。 （一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的； （二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的； （三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的； （四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的； （五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的； （六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的； （七）法律、行政法规规定的其他情形。 因此，员工有权据此与单位解除劳动合同，并且有权要求单位支付经济补偿金。