根据《工伤保险条例》的规定，职工发生工伤后，应当由用人单位按照规定支付工伤医疗费、停工留薪期工资等费用，并按规定缴纳社会保险费。如果公司在与员工协商一致的情况下，同意支付部分补偿款，但拒绝支付其余的工资和社保费用，这可能违反了相关法律规定。 具体来说，用人单位应按照国家规定的标准为劳动者提供相应的工资和福利待遇，包括但不限于基本工资、加班工资、奖金、津贴补贴等。同时，根据《社会保险法》，企业应当依法参加社会保险并按时足额缴纳各项社会保险费，其中包含养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等。 因此，您父亲的情况可能涉及劳动权益保护和社会保险方面的纠纷。建议及时向当地人力资源和社会保障部门寻求帮助，了解您的权利和责任，必要时可以委托专业的法律机构进行处理。