您好，根据您的描述，您提到的9月份的工资总额（应发工资）和税务应征金额（税款收入额）不同，并且公司没有提供工资单，因此无法确定是否为“克扣工资”或存在其他违规行为。 在正常情况下，企业应当按照员工的实际工作时间和相应的薪酬标准支付工资。如果存在任何违反劳动法的行为，如未按时足额发放工资、未依法缴纳社会保险等，可能涉及违法用工或者逃税等问题。 如果您对公司的做法有疑问，建议您及时向当地人力资源和社会保障部门反映情况，寻求合法合理的解决途径。同时，确保自己的合法权益不受侵害，必要时可以考虑通过法律途径维护自身权益。