在您的情况下，根据法律规定和您提供的信息，我认为公司的做法不合理。首先，根据《中华人民共和国劳动法》第36条规定。“劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。”因此，您已经符合享受带薪年休假的条件。其次，《劳动民法典》规定，用人单位应当按照国家规定的标准支付员工工资。如果公司在您未休完法定年假的情况下就扣减工资，这违反了相关法律法规的规定。 另外，关于您是否需要提供医疗证明的问题，根据《女职工劳动保护特别规定》第17条。“怀孕不满四个月终止妊娠或者怀孕满四个月以上终止妊娠的，给予产假十五天；难产的，增加产假十五天；生育多胞胎的，每多生育一个婴儿，增加产假十五天。”所以，在您的情况中，即使医生开了请假条休息三周，并且符合相关的休假规定，也应该得到全额工资。 建议您与公司进行协商，要求公司按照法律规定支付您的全部工资，同时保留好相关证据，以备将来可能发生的争议。如果您对处理结果不满意，可以向当地的人力资源和社会保障局投诉或申请劳动仲裁。