在工伤事故中，员工受伤后由用人单位支付医疗费用，并且按照规定向工伤保险机构申请工伤待遇。如果工伤保险机构已经支付了相关医疗费用，那么通常情况下，这部分费用不再需要从工伤保险基金中再支付给员工。 然而，在某些情况下，如工伤保险机构的赔付不足以覆盖全部医疗费用时，或者由于特殊情况导致工伤保险机构无法及时支付，这种情况可能会涉及到员工和用人单位之间关于医疗费用是否应当退还的问题。在这种情况下，可能需要根据具体情况来决定如何处理这笔款项。 总之，无论最终如何处理这笔款项，都应该遵循法律法规的规定和公司的内部规章制度，确保处理过程公正合理。