根据您的描述，如果您在工地工作时受伤，并且医药费用由承包商垫付，但您不清楚是否已向劳动保障部门提交工伤认定申请，以及是否有社会保险覆盖。在这种情况下，如果双方已经私下签订了赔偿协议，这可能是有效的。 然而，建议您与承包商进行沟通，了解具体情况。如果他们愿意承担医疗费用并提供经济补偿，那么私下达成的协议可能是一个解决方案。但是，如果他们拒绝承担任何责任，或者不愿意按照合同条款支付，那么可能需要通过法律途径解决争议。 此外，为了保护自己的权益，您最好保留所有的相关文件和证据，包括但不限于工资单、病历记录、医生证明等。这样可以作为将来维权的重要依据。 总之，在处理此类情况时，建议您寻求专业的法律帮助，以便更好地维护自己的合法权益。