《中华人民共和国劳动法》规定，劳动者应当完成劳动任务，提高职业技能，执行劳动安全卫生规程，遵守劳动纪律和职业道德。因此，在工作中发生事故并造成迟到的情况下，如果是因为非故意原因造成的，如天气恶劣、交通堵塞等，可以视为不可抗力因素，单位无权以此为由扣除员工的工资。但是，如果由于员工个人行为（如违章驾驶）而导致事故发生并造成迟到了，那么根据事故责任划分，可能需要承担相应的法律责任，并且可能会影响其工资待遇。具体情况应通过协商或法律途径解决。